Главный герой, Томоки, - обыкновенный японский школьник, живущий в одиночестве. По соседству с ним обитает Сохара, подруга детства, частенько поколачивающая бедолагу. Иногда за дело, иногда для профилактики. Но в целом девушка добрая и весёлая, явно не равнодушная к герою. Поэтому, когда последнему в очередной раз снится преследующий с детства загадочный сон, в котором небеса разлучают его с некой крылатой девушкой, и он просыпается в слезах, Сохара, добрая душа, решает отвести Томоки к Сугате Эйсиро, серьёзному школьнику, мечтающему в самом прямом смысле окрылить людей и одержимому идеей открытия нового мира...

Как и в первом сезоне, общая сюжетная линия является скорее фоном для творящегося на экране веселья. А штат девушек расширился на ещё одну - глупую и неуклюжую Астрею, очень напоминающую Эксель из Excel Saga.