Действие происходит до событий, показанных в «Patlabor – 1». Странный инцидент произошел в бухте Токио. Кто-то или что-то напало на мирно плывущий буксир. Никаких зацепок и никаких причин. Расследование этого и еще группы подобных происшествий поручают детективу Мацуэ и его напарнику Хото. Пока они еще не знают с чем им придется столкнуться. Кто же этот таинственный обитатель морских глубин?..