2036 год. Токио подвергся радиоактивному заражению, в результате почти все жители погибли. Много лет спустя после трагедии в городе появляются три девушки. Радиация на них не действует - девушки, вследствие генетических изменений, не подвержены радиации и обладают сверхспособностями. Они входят в группу "COPPELION" и разыскивают тех, кто смог выжить за эти годы в зараженном городе.

Жило да было племя гаэлов. Жило оно на острове Эрин, на окраине империи, которая, с некоторых пор, стала называться не просто империей, но Священной. Впрочем, гаэлам не было никакого дела до этого. Они жили в своих лесах, охотились на кабанов, собирали грибы и чтили завещанные предками предания и законы. Им не было дела до империи, а империи не было дела до них.

Жил-был на свете один такой человек, который хотел изменить историю. Кто-то говорил, что он безумен, другие же считали гением. Время прошло, и человека не стало. Но имя его забыто не было. Шикизаки Кики оставил после себя наследство в целую тысячу превосходных мечей. Да не простых, а самых могущественных среди тех, что существовали в то время. И среди всей тысячи самыми уникальными были последние двенадцать. В них была заключена вся мощь создавшего их человека, и были они равно опасны как для соперников, так и для самих владельцев. Могущество и злоба, что были в мечах, словно яд отравляли их сущность...

Главный герой по имени Нацуру Сэно как-то утром просыпается в девичьем теле, очаровательная плюшевая игрушка по имени Харакири Тигр (ага, с плюшевыми же кишками наружу) сообщает ему, что отныне он – кэмпфер, и должен сражаться с другими кэмпферами по указанию неких загадочных модераторов. А в девушку он превращается потому, что все кэмпферы обязательно должны быть женского пола. Превращение случается автоматически, когда рядом оказывается другой кэмпфер (всё остальное время Нацуру в своём привычным обличье), каждый избранный получает еще и цветной браслетик («синие» должны сражаться с «красными») и набор сверхспособностей…

Главный герой уже давно вырос из возраста, наиболее популярного в аниме. Ему 27 лет. Его зовут Косиро. Он живет в небольшом доме вместе со своим отцом. И его только что бросила подруга. В угнетенном настроении Косиро, выходя после работы из офиса, встречает симпатичную молоденькую школьницу. В попытке развеяться, он проводит с ней вечер, открывая ей душу и избавляясь от тяжелого камня на душе. Казалось бы, сама судьба определила их встречу, давая возможность Косиро понять, что жизнь не состоит из одних только черных полос. Но, та же судьба доказала, что полосы эти могут растянуться на довольно продолжительное временное расстояние. Позже он узнает, что девочка, которой он открыл свои душевные раны, его родная сестра.

Продолжение истории полнометражного фильма Appleseed, увидело свет лишь 3 года спустя после выхода оригинала, оставившего после себя неоднозначные впечатления.