Не смотря на то, что сюжет «Агента Вексилла» не основан на манге, а является оригинальным, сценарной новизной в данном аниме совсем не пахнет.

По дороге из дома в школу, Наноха с двумя подругами решила сократить путь и пройти через небольшую полосу густого леса. На дороге она обнаруживает полумертвого хорька и относит его в ветлечебницу. Родители позволили ей оставить хорька в качестве домашнего животного. И, когда счастливая девочка шла в лечебницу, чтобы забрать нового члена своей семьи она увидела нечто! Нечто черное и бесформенное, но с горящими красными глазами пыталось прикончить ее зверька. Спасаясь от чудовища, Наноха узнает, что хорек не простой. Он из другого мира. Ослабленный зверек вручает девочке некий кристалл, одаряющий носителя суперспособностями. И пошло - поехало!