Прошло почти два года после исчезновения Когами. В городе опять неспокойно - кто-то выбрал своей целью инспекторов и карателей Бюро. Акане, в группе которой прибавление - новая следователь Мика Симоцуки (большой привет из первого сезона - девушка - та самая недоверчивая школьница, которая отказалась быть натурщицей у художницы-маньячки). Симоцуки и в группе ведет себя также - подвергает сомнениям действия Акане, высокомерна с карателями, ненадежна в операциях. Но обладает одним достоинством - целеустремленностью. Это ее и погубит, и спасет.

Дайти Манатсу, ученик второго года обучения средней школы и заядлый геймер в новостях видит в небе странную радугу. Подобную радугу он уже видел в детстве, когда познакомился с таинственным мальчиком и не менее загадочной девочкой на космической базе своего отца. Именно в те дни отец главного героя погиб, протаранив на космическом челноке нечто, несущее угрозу земле. От самого Дайти скрыли подробности гибели отца и вот, спустя несколько лет он решил вернуться на остров Танегасима, дабы вновь встретится с прошлым. Проникнув старыми тропами на базу, молодой человек оказывается втянутым в сражение космического масштаба, когда решается сесть в кресло пилота новой разработки человечества под названием Earth Engine.